南京的暴行持续了数月，尽管最惨烈的事件是集中在前六至八个星期。到1938年春，南京人知道大屠杀过去了，而且他们知道如果他们能被征服，就不需要把他们全部杀死。当南京屈从于日本人的统治时，军队开始执行征服全体南京人民的措施。
起初，没有什么可征服的，一个外国人写道：“你难以想象这座城市的杂乱无章，各处倒满了污物和垃圾。”废物和人肉在大街上腐烂，因为没有日本人的允许，什么也不许干??甚至不许处理垃圾和死尸。确实，有几天军车碾过在水西门下面的几英尺的死尸，碾过死尸是为了使平民牢记抵抗日本人的可怕后果。
据观察家估计，日本人损坏的公共财产按1939年的美元计算，总共约8．36亿美元，而私人财产损失至少1?36亿美元。这些数字还不包括被日本军队拿走的无可替代的文物的价值。
在社会学家刘易斯?斯迈思的指挥下，国际安全区委员会对南京地区的损失进行了一项系统调查。调查员们走访了市区五十分之一户的居民和农村三分之一的村庄中十分之一的家庭。一份60页的报告在1938年6月公布，斯迈思总结道：南京经受的120次空袭和4天的围攻所造成的破坏只有日本军队进城后的百分一。
大部分的破坏由纵火引起。南京一陷落就陷入大火之中，大火持续了6个多星期。⑤士兵在军官的指挥下点燃建筑物，甚至使用了特殊的化学条去引火。⑥他们烧毁了教堂、大使馆、百货商店、店铺、公寓大楼和棚屋??甚至烧毁安全区内的区域。安全区的领导们无法将火扑灭因为他们的水泵和灭火器材都已被日本人偷走。在南京暴行的最初几个星期结束时，日军已将整个城市的三分之一和所有商店的四分之
三烧成了灰烬。
他们焚毁了俄国(指前苏联。--译注)公使馆，污辱美国使馆。洗劫了几乎所有外国人的寓所??即使它们带有明显的标志，插有国旗或有徽章。日本人对美国的财产特意污辱，他们6次扯下悬挂在金陵大学的美国国旗并践踏它，威胁说谁胆敢再把旗子挂起来就杀了谁。尽管纳粹与日本政府是同盟关系，德国财产的命运却几乎与美国的一样糟。日本人扯下纳粹旗帜，焚烧德国人的住所、店铺，甚至偷走希特勒和兴登堡的画像。一个德国人写道：“考虑到日本人对其天皇画像的崇拜”，这是一个“值得注意”的行动。日本人对南京的劫掠远远超出了城区，日本人破坏了南京周围的农村，烧毁茅草房，将家具、工具和农具集中到砖房，以便所有的东西一起烧成灰烬，他们就这样烧毁整个村庄。城市附近地区所有的牲畜包括家畜和其他畜类均被抢光。
日本人还使用乙炔吹管、枪弹和手榴弹炸开银行的保管库，包括德国官员和居民的个人保险存储箱。士兵得到允许可以邮寄他们的部分战利品回日本，但是大部分物品被没收和集中供官员使用。仓库里迅速堆满了珍稀的玉器和瓷器、地毯和绘画及金银珍宝。有一间仓库就堆放了200多架钢琴。@12月底，日本人开始将掠夺来的物品--珠宝、艺术品、家具、金属制品、古玩??堆放在码头准备运回日本。
日本强盗通常搜寻值钱的东西。他们垂诞外国人的汽车，这使委员会的成员相信，城里的汽车如果没有外国人坐在里面都会被军队弄走。(连用来运尸体的卡车也被偷。)不过，日本人也侵入金陵大学医院去抢一些小物品??护士的钢笔、手电筒和手表，还多次闯入安全区，从无家可归的人那里抢被褥、炊具和食物。一份德国人的报告记录，12月15日，日本人曾强迫5，000难民排成队以便他们抢劫，日本人从那些难民身上总共抢了180美元。乔治?菲奇写道：“甚至一把肮脏的米也被日本兵抢走”。“如有任何抱怨，必死无疑”。
1938年1月，除了军方的一家商店和国际委员会的米店外，南京没有一家商店正式营业。港口几乎没有船只。城市的大部分地区断电、停水、电话不通，因为日本人捕杀了当地电力厂约50名雇员。(没有自来水，洗澡困难，而大多数妇女宁愿不洗澡，希望她们没有清洗的身体，能够驱除日本人强奸她们的念头。)
城市慢慢地恢复生机。在南京城到处可见人们在房屋中仔细搜寻一一拆下地板和木窗框当劈柴，运走金属和砖块去修复他们自己的家或在街上向其他人出售。安全区内的上海路上密集的人群拥在数百个小摊贩前面，那些小贩在出售你所能想象的各种赃物，包括门窗。这一活动推动了当地的经济，路边赃物商人的旁边又冒出了许多新的茶馆和饭店。
1938年1月1日，日本人成立了新的市政府，南京自治委员会??或城里一些西方人所称呼的“自治政府”。自治委员会配备的是中国的傀儡官员，他们控制市政管理、福利、财政、警察、商业和交通。到了春天，从表面上看南京又开始像正常城市般运作。自来水、电灯和每日邮政服务都恢复了。日本人的城市公共汽车开始运营，人力车出现在大街上，人们可以乘火车从南京到上海。南京很快成为日本人繁忙的航运中心，每日从南京运送诸如机车、马匹、枪炮、卡车和其他物资到邻近的浦口。
然而：野蛮侵占的迹象随处可见。中国商人忍受沉重的税款和租金勒索以提供资金支付新当权者的薪水。日本军贺还开办了面向中国人的商店，这种商店榨尽这座城市中国人的黄金和钱财而代之以无价值的军用货币。即使物主仍在城里，中国傀儡政府还是没收城里尚存的值钱的东西和库存原料，更加重了人们的贫困。以致一些中国的下层官员自我嘲讽道：“我们正在进行一场被批准的抢劫。”
远比人民受重税和没收财产盘剥更为触目惊心的是鸦片重新出现在南京城。在日本占领前，鸦片是地下麻醉剂，由贵族和商人在南京的秘密处所偷偷地吸，不会公开和厚颜无耻地在大街上出售，也不会明显地在年轻人面前展示。这座城市沧陷后，人们可以自由出入鸦片馆，不受警察的阻拦。这些鸦片馆大胆地用汉字招牌做鸦片广告，招牌上写着“官土”??鸦片的专用名词。
为了鼓励吸食毒品从而进一步奴役人民，日本人在南京惯常用毒品支付劳力和娼妓的费用。海洛因香烟甚至提供给小至10岁的孩子。金陵大学历史系教授迈纳?瑟尔?贝茨根据其研究下结论道：南京地区约5万人使用海洛因，占当时人口的八分之一。
很多被蹂躏的南京居民成了麻醉的牺牲品，因为毒品是他们用以逃避现实的手段，那怕只是暂时地逃避他们生活中的苦难。有些人甚至试图利用鸦片自杀，把它当毒药大量吞服。其他一些人则为满足毒瘾而走向犯罪，以致掠盗之风席卷南京。日本人利用犯罪活动猖獗来证明其占领的正当性，鼓吹日本帝国法律和秩序的必要。
日本雇主对待很多当地中国劳工还不如奴隶，常因稍有冒犯就杀害他们。后来，幸存者断言日本人蓄意制造严酷的工作环境和实施变化无常的惩罚，是为了使中国雇员处于持久的恐怖状态中。一个在日本人占据的工厂中做工的中国人描述了几个月中在那里亲眼目睹的恐怖事件。日本监工冤枉一个雇员偷了他的毛线衫，结果把那个工人从脚至咽喉用绳索捆得几乎像个木乃伊，然后用一堆砖头砸死。砸到最后，那人的身体全变了形，肉和骨头缠绕在一起，作为食物扔给了狗。另一次，日本人发现工厂里的4个小垫肩不见了并发现它们用来作了厕纸，一个22岁的妇女承认那天用过厕所，便被拖到工厂后面砍了头。就在那天下午，这个日本刽子手又杀了一名他指控偷了一双拖鞋的十几岁的少年。
日本人甚至用南京人做医学试验。1939年4月，他们在城里开设了一个机构，把人当作豚鼠来进行他们的研究，日本人把用作实验的人叫作“圆木”。??在离长江只有很短一段距离的中山东路，日本人把一所六层楼的中国医院改建成研究流行病的实验室，他们称之为“荣1644部队"。虽然这个实验室靠近一个军用机场、一个艺妓区、电影院和显眼的日本人中心，例如日本领事馆、军警处及侵华派遣军最高统帅的指挥部，它仍然是严密警戒之下的机密。院子周围是高高的砖墙，上面有带剌的铁丝网，实验室有警卫巡逻，工作人员被命令绝不允许在写回日本的信中提到荣1644。里面的科学家给中国俘虏注射或喂食各种各样的毒药、细菌和致人死命的气体；这些物质包括丙酮、硝酸盐氰化物、亚硝酸盐氰化物和蛇毒，比如眼镜蛇、竹叶青蛇的毒液。日本科学家以这种方式每周杀死10个或更多的中国人，并用荣1644的焚化炉处置他们的尸体。
1945年8月日本投降时，荣1644的职员毁了他们的仪器和资料，炸了实验室，并在中国部队到达南京之前逃跑了。我们知道这个秘密实验室的情况仅仅因为那个部队的一些科学家在战后向美国审问者供认了他们的活动。
那些足够幸运逃脱了肉体折磨、日本人的医学试验和毒品诱惑的南京人，生活在军队恐吓的令人室息的环境中。日本当局设计了一种集体控制的方法，即用金字塔式的等级制度把人们组织起来。命令每十户指定一个头目，命令每十个这样的头目指定另一个头目，以此类推。在这个系统下，要求每一个南京人都持有登记卡，那上面有其十人，百人、干人头目签字证明其对新政权的忠诚。还要求每个人报告来到其户里的任何生人或未登记的人，他向十户头目报告，后者再向自己的直接领导者报告，如此逐级上报，直至消息到达市政府的区级官员。
这不是日本人的发明，而是传统的中国制度，叫作保甲制。无疑，日本人重新利用它来证明他们在南京的统治的合法性。
日本人经常检验这一保甲制度，有时释放没有通行证的人进城，看看他们是否能找到藏身之地。如果这些人没有在两个小时内被抓到或被告发，他们藏身地区的小组头目们会受到严厉的惩罚。委员会成员艾伯特?斯图尔特在他1939年的日记中写道：“这就是日本人维护人们对新政权的忠诚的方式。”
尽管经过战争、烈火和大屠杀，南京还是恢复了。令人恐惧的饥荒没有发生，不仅仅因为日本人最终允许食物运进城，也因为当地农民在日本部队离开南京去追剿内地的中国军队之后收获了冬小麦。在一年的时间里，富饶的长江三角洲地区大多数农业产量接近战前水平。这并不是说在日本占领时期南京没有食物匮乏之患。在城里，菜园和农田的收成都不好，因为日本人不仅抢走他们的蔬菜，还强迫农民开荒和把农产品运送给日本人享用。而且由于战争拖延，在南京的日本当局紧缩供应，严格控制必需品如煤和米的配给。不过没有证据表明南京的饥荒和营养不良比中国其他地区严重。其他城市如国民政府的新首都重庆在战争期间食物缺乏比南京严重得多。
虽然在日本人的统治下鸦片和海洛因的贩卖猖獗，但南京居民相对少病。占领之后城里的日本当局制定了严厉的政策，焚烧因病而亡者的尸体。他们还开始实行一项强制性的防疫计划，预防霍乱和伤寒，要求人们一年注射数次疫苗。中国卫生官员守候在街道和火车站给行人和进入这座城市的人注射疫苗。这在市民中引起了极大的不满，很多人害怕那些针会使他们丧命。西方传教士的孩子们仍然记得在火车站进入南京的中国人被命令浸泡消毒水??很多人认为这个要求很污辱人。(进入这个城市的西方人经常被喷洒来苏水。)
几年之内南京便从废墟中站了起来。1938年春天，人们开始冒险回到这个城市。有些人回来查看损失情况，有些人回来找工作，因为他们的钱已经花完，还有一些人看看情况是否足够安全，能把他们全家迂回。南京重建开始时，对劳动力的需求增长，很快地便把更多的人吸引回来，不久之后他们的妻子和孩子就参加到向南京迁移的人流中。在一年半的时间里人口翻了一番，从1938年3月的25万一30万人增至1939年12月的57．6万人以上。虽然尚未达到这个城市在1936年的100万人口的水平。到了1942年人口达到了最高点约70万，并在战争持续期间稳定在这一水平上。
在日本人统治下的生活远谈不上愉快。但很多人逐渐相信征服者将留下来，一种屈服的情绪在这座城市蔓延开来。偶尔有一些地下的反抗??间或有人跑进坐满日本军官的戏院，扔一颗炸弹。但一般来说，这类造反是零星的和罕有的，大多数反抗日本人的敌意的表示是非暴力的，例如反对日本人的招贴、传单和在墙上的涂画。
南京的苦难终于在1945年的夏天结束了。1945年8月6日，美国在日本的第八大城市广岛投下一颗未经试验的铀弹，第一天杀死了这座城市24．5万人中的10万人。但日本人并没有投降，美国在8月9日向日本的城市长崎投下第二颗原子弹，一颗钚弹。之后，不到一个星期，8月14日日本作出了投降的最后决定。
日本人在这个前中国都城一直逗留到日本投降那天才匆匆撤离。据目击者说，看到日本人喝得酩酊大醉或在街上哭泣。有人听到传闻说，当地居民强迫没有武装的日本人跪在路边并殴打他们。然而报复日本驻军的行为并不多见，因为在这个混乱的时候，很多中国人躲在家里，由于害怕万一日本战败的消息不是真的而不敢庆祝。撤离是迅速的，没有大规模的对日本士兵的迫害和关押。一个南京居民回忆说，日本投降以后她在家里待了好几个星期，而当她出来的时候，日本人已经走了。