在省委、省政府李源潮书记、梁保华省长的亲切关心下，在省委常委、宣传部长孙志军同志和市委常委宣传部长叶皓同志等领导的直接指导下，南京大学中华民国史研究中心联合南京师范大学、江苏省社会科学院、中国第二历史档案馆、南京市档案馆、江苏省行政学院和华中师范大学的六十位教授、学者，经过五年的艰苦努力，埋头苦干，先后赴美国、日本、英国、德国和我国台湾，搜集了大量史料，加上中国第二历史档案馆、南京市档案馆提供的各类档案，共搜集、整理、翻译了一千五百万字的中文、日文、英文、德文的原始材料，编辑称为《南京大屠杀史料集》28卷。目前，这28卷史料，已由江苏人民出版社和凤凰出版社全部出版问世。
《南京大屠杀史料集》，由南京大学中华民国史研究中心主任、博士生导师张宪文教授担任主编，由一批学者、教授分别组成学术指导委员会、编辑委员会和翻译委员会。这样，就保证了编辑工作的质量和成功。
28卷史料分别为：
第1卷 战前的南京与日机的空袭
第2卷 南京保卫战
第3卷 幸存者的日记与回忆
第4卷 美国传教士的日记与书信
第5卷 遇难者的尸体掩埋
第6卷 外国媒体报道与德国使馆报告
第7卷 东京审判
第8卷 日军官兵日记
第9卷 日军官兵日记与书信
第10卷 日军官兵与随军记者回忆
第11卷 日本军方文件
第12卷 英美文书?安全区文书?自治委员会文书
第13卷 拉贝日记
第14卷 魏特琳日记
第15卷 前期人口伤亡和财产损失调查
第16卷 抗战损失调查委员会调查统计（上）
第17卷 抗战损失调查委员会调查统计（中）
第18卷 抗战损失调查委员会调查统计（下）
第19卷 日军罪行调查委员会调查统计（上）
第20卷 日军罪行调查委员会调查统计（中）
第21卷 日军罪行调查委员会调查统计（下）
第22卷 赔偿委员会调查统计
第23卷 南京大屠杀案市民呈文
第24卷 南京审判
第25卷 幸存者调查口述（上）
第26卷 幸存者调查口述（中）
第27卷 幸存者调查口述（下）
第28卷 历史图像
《南京大屠杀史料集》有非常珍贵的史料价值，1500万字全部为第一手的原始材料，在内容上没有加进编者的一句话或一个字，保持着史料的原貌。其中，很多材料是第一次出版问世，首次呈现在广大读者面前。
《南京大屠杀史料集》是一项十分重要的学术工程、政治工程，它的出版必将在海内外产生重大的政治影响。参与该项工作的广大历史学工作者、档案工作者和江苏人民出版社的领导、编辑、印务工作人员，为国家、民族的事业，为反对日本右翼的谬论，维护世界和平，作出了值得称赞的贡献。
《南京大屠杀史料集》第1?8卷，已于2005年7月出版。出版后在海内外产生了广泛影响。2005年12月继续出版了第9?28卷。
现将第9?28卷按加害方（日本）、受害方（中国）和第三方（西方国家），分别作一概要介绍。
第9、10、11卷是加害方日本方面的材料。如第9卷，收录了数十位日本官兵的日记和书信。他们将自己在战场上的亲身经历、内心感受和所见所闻，用日记的形式记录下来，或在给亲友写信时，从不同的角度记述了南京大屠杀的真实情况。如时任日军第13旅团旅团长的山田?二在1937年12月18日南京沦陷后的日记中记述说：“部队竭尽全力处理俘虏。”他还说：“部队随便离队闯入民宅……放火、强奸、随便射杀禽畜、抢劫。”“处理”俘虏，就是屠杀俘虏。日军第13师团山炮兵第19联队第8中队伍长近藤荣四郎在1937年12月16日的阵中日记中说：对俘虏“今天最终将20000人中的三分之一，即7000人拉到扬子江边枪决……之后，又处决了其余所有俘虏……在煞白的月光下，垂死的人发出痛苦的哀鸣。没有比这更让人毛骨悚然的了。”本册收录的部分日军官兵的书信，在日本尚未公开出版，此属首次披露。曾担任南京警备工作的日本第16师团野战炮兵第22联队的田?安造在写给佐奈村军人后援会花谷松藏的信中说：“堆成山的支那军尸体已大体焚烧完毕。”第10卷收录了日军官兵与随军记者的回忆，他们记述南京大屠杀的采纳库情境。如日本海军第三舰队第一扫雷队水兵中村弥?目睹了南京的惨状。他说：“南京这个大城市成了一座死城。国破山河在。没有人、车和马。就连猫狗都看不到。能见到的是连绵不绝、无限延伸下去的累累尸山。有军人、有商人、有农民，不分男女老少，全都死了。”在第11卷收录的日本军方文件中，“要彻底扫荡南京”城内各区，“尤其要继续扫荡难民区”。可以看出，他们所指的“扫荡”方针，就是要围歼、捕杀已放下武器的中国军人，在这一过程中，也大量屠杀了中国民众。
第15?23卷是受害方中国方面的资料，这些材料主要来自中国第二历史档案馆、南京市档案馆和设在台湾台北县新店市的“国史馆”。其中，绝大部分是首次公布于世，首次正式出版。1938年前后，西方人士、中国方面、日本方面、伪政权等即有有关南京大屠杀人口伤亡及财产损失的调查。抗战胜利前后，中国国民政府建立了各种调查机构，如“抗战损失调查委员会”“日军罪行调查委员会”“赔偿委员会”等。上述机构对南京各区、各乡镇、各保甲，挨家挨户做的调查与统计，其史料价值十分珍贵。他们以国际法和国内法为依据，制定科学的调查表，其中包括户主姓名、被害人姓名、被屠杀情节及调查者姓名签字等。这批大量的调查统计资料是日军在南京实行大屠杀的最原始材料和铁的罪证。《史料集》还收录了抗战胜利后南京市民向南京市政府等机构的“呈文”800多份。这些“呈文”反映了南京大屠杀导致的人口伤亡、人员失踪、财产损失等情况。他们痛陈了日军的残暴和八年沦陷期间生活的艰辛状况。这些“呈文”是对日军残暴行径的血泪控诉，是珍贵的第一手史料。如其中一份大屠杀幸存者、市民徐进致国民政府的呈文，记录了日军在下关中山码头集体屠杀中国同胞千余人的惨状。
幸存者的口述资料，是研究南京大屠杀和批驳日本右翼谬论的宝贵史料。本《史料集》第25?27卷，收录了幸存者的调查口述资料约1600份，140余万字。这些口述资料是自20世纪80年代以来南京地区一些单位和个人，如南京大屠杀编史办公室、南京大学、南京师范大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、南京航空航天大学等单位及费仲兴教授、戴袁支记者在南京城乡所作的调查、新闻报刊对幸存者的访问报道等。特别是近年来100多名大学生出于社会责任，利用业余时间，冒着酷暑，背着干粮，在南京周边广大乡镇进行了十分艰苦的社会调查，发现了一批过去不曾了解的南京大屠杀幸存者。这些材料是首次披露、出版，有很高的史料价值。
《史料集》第三类材料是第三方即是西方国家及相关人员的材料。这些材料主要收录在第12卷。其内容包括：①美国文书，有美国驻中国大使馆与美国国务院的来往电文、贝德士未辑文献及相关人员的记述等。②英国外交档案，均来自英国国家档案馆。上述美英文书记载了西方人士对中国广大百姓所给予的无私援助。如收录的南京国际救济委员会报告书，就详细地记述了对中国难民的经济援助。文件更从第三者的角度，真实客观地、大量详尽地记述了日军在南京所犯下的强奸、杀人、抢劫等种种暴行。如1937年12月16日迄27日金陵大学紧急委员会致日本大使馆之信函中说：日军“游散兵士，侵袭民居，搜掠财物，蹂躏妇女，一处一日遭十次，一夜遭六次以上者，实不可胜数”。“日军所到之处，无一人一室可获安全”。“一般人之生活皆充满苦痛与恐惧，此种苦痛与恐怖完全出之日本兵士”。在英国斯特拉博尔吉爵士致哈利法克斯爵士的长篇信函中详细地记载了日军进入南京后的暴行。如信中说：南京“这里已经没有多少财物可抢了，因为这个城市几乎已被洗劫已空。”“这是一座我以前从未想像得出的地狱”。“由于日军已经进城，随之而来的便是恐怖、破坏与死亡”。“12月14日，星期二，日军大举进城??坦克、大炮、步兵、卡车都进城了。恐怖开始出现。在接下来的10天里，残暴和恐怖与日俱增。”在“我驱车驶向下关”时，“我们的车确实是从成堆的尸体上碾过”。“日军从离我们总部很近的一所难民营中拉走1300名男子准备全部枪毙。……这些人排列成行，都被绳索捆绑，约一百人一组，由手持刺刀的日本兵监视。……我们看见他们正走向死亡。”“我们做梦也想不到，我们会亲眼目睹当代无与伦比的残暴与野蛮”。“市区正整片整片地被系统焚毁”。信件最后说：“正义最终必将赢得胜利。”
日本发动侵华战争及制造南京大屠杀，必将受到全世界人民的谴责和正义的裁判。战后，除在东京建立了远东国际军事法庭审判日本战争罪犯外，1946年2月15日中国政府也在南京设立了“国防部审判战犯军事法庭”，对侵华日军特别是南京大屠杀的主要罪犯进行了正义的审判和公正的判决。本《史料集》第24卷《南京审判》，较为完整地收录了南京审判的各方面史料，如南京审判的国际法、中国刑法依据；国民政府国防部审判战犯军事法庭成立的过程、战犯名单等。本卷较多地收录了南京大屠杀罪犯谷寿夫、向井敏明、野田岩、田中军吉等人的起诉书、证人证词、判决书以及谷寿夫等人在审判过程中的狡辩书和报道等。
《史料集》最后一卷即第28卷《历史图像》，收录了历史图片和档案图片等共约880幅（页），包括日军官兵、欧美留宁人士及其他方面人士拍摄的照片、电影胶片及各种出版物上的重要图片等，也适当收录了部分档案文献照片等。这些照片、图片，均真实地记录了日军在南京的残暴行为。其中有近六分之一的历史照片为新近发现、首次公布的，史料价值珍贵。编辑过程中，对各种照片均进行了认真的考证，并说明来源。
南京大屠杀是日军在南京制造的震惊世界的残酷暴行。海内外历史学者及各方面人士均曾进行过许多研究，然而，史料分散，收集困难，为研究工作带来许多不便。本《史料集》在南京地区学者们的共同努力下，克服种种困难，将这些第一手材料汇集在一起加以出版。它不仅有极高的史料价值，也是日军制造这一惨案的铁证。它的政治意义和深远的影响，将会迅速地显示出来。