日本法西斯在南京进行大屠杀时，力图掩盖其所犯罪行，长期封锁南京的交通和消息，"禁止携带照片文件出境"，甚至不允许救济难民的粮食和药品运入南京。1945年8月，日本被迫宣布无条件投降后，更梦想逃避应得的惩罚，于18、19两日在南京焚毁文件，销毁犯罪痕迹。在日军军营里，火光冲天，被毁文件的灰烬，四处飞扬，无数列车从沪宁线各地载来掠夺物，分给各部队，某些不便转运的掠夺物，则被廉价出卖。1946年开始日本战犯时，日本帝国主义者又拒绝提供材料，战犯闵村宁次公然声称："关于调查南京被掳失踪市民下落事，查南京当时第16师团中岛部队（包括大野部队）尔后调往菲律宾，参加吕宋登陆作战，1944年美军进攻雷伊泰岛之际，该部队驻第一线守备，全部战死。故上项调查恐难期讯确。"中国日本帝国主义毁灭罪证，拒绝提供材料，要得到一个完整的统计是不可能的。
各街各巷到处都是被杀的人，有的是刀刺的，有的是刀砍的，有的是枪杀的，有的是火烧的，有的是奸后又杀的。东一堆西一堆，左一个右一个，不忍看不忍见。数多女人的身上没有衣服。新码头有一个八十多岁的老太婆是被日本人用刺刀刺在阴户内死的。
当时被害同胞尸体的掩埋工作，主要是由几会慈善组织进行的。
世界红?字会南京分会成立于1923年，该会设董事长一人，副董事长二人，常务董事五至六人，均由会员大会推举之。下设总务、储计、防灾、救济、慈业、交际等六个股。慈善事业分永久慈业和临时慈业两类。临时慈业含救济、掩埋、收容、医药等项工作。当时掩埋队队长系欧阳都麟，下为两个班，一个是收尸班，一个埋尸班。埋尸班人数较多，有99人，班长叫高瑞玉。欧阳都麟1947年曾作为证人，向南京军事法庭递交了两份红?字会掩埋队埋尸具体统计表。高瑞玉现在还健在，成为掩埋尸体工作的活证人。
该掩埋队从1937年12月22日开始正式工作，至1938年10月30日结束工作，历时10个多月，共掩埋尸体4.3万余具。从掩埋尸体统计表中可以看出：掩埋地点达50多处，大都在城外，主要收尸地点为中华门外、水西门外、下关、上新河、幕府山等地，特别是下关，仅在鱼雷营、草鞋峡、煤炭港三个点就收尸万余具；工作方法大体采用就地就近掩埋方法，掩埋尸体中有男也有女，还有小孩。
关于红?字会掩埋尸体的情况，有以下两份材料可资证明。
第一、 高瑞玉作证：红?字会确系从事过大量的尸体掩埋工作。
高瑞玉：性别男，1985年81岁，民族汉，1937年住址为户部街52号，现住址为白下区龙王庙后17号。以下为高瑞玉的证词： "我叫高瑞玉。南京沦陷时，日军进城后杀人如麻，大街小巷到处是死尸。十字会负责将遗体集运到雨花台西侧宪兵操场，我当时担任掩埋作。十字会规定，男女分埋，坑深二丈左右，为长方形，每10个尸体埋一层，每层上面覆盖芦麻和泥土，然后再一层层往上垒，堆满为止，至今尚可找到尸坑的痕迹。" 伪内政部的报告肯定红?字会掩埋尸体4万余具。
崇善堂掩埋尸体11万余具
南京崇善堂成立于清嘉庆二年，是一个历史较长、财产较厚的慈善团体。崇善堂在难民区内组织了"崇字掩埋队，"下设四个分队，每队设主任一个，队员一人，固定工役10人。崇字掩埋队自1937年12月26日开始工作，至1938年4月结束工作，前四个月主要以市区为主，将尸体运至掩埋地点，共收埋尸体7500余具。1938年4月基本在乡区收殓尸体，采取就地掩埋，所以工作速度加快，共掩埋10万余具。
崇字掩埋队共掩埋尸体112267具，其中男尸109363具，女尸2091具，小孩813具。
南京有个红?字会，另外还有个红十字会，有些人把这两个组织混为一谈，其实是两个组织。红?字会是国际组织，全名是"世界红?字会南京分会"；而红十字会是中国的国内组织，全名为"中国红十字会南京分会"。
从掩埋队工作统计表分析，一队在1938年1月6日以前（1937年12月24日开始）已在和平门外一带联合乡人共埋尸体5700余具，二队在1938年1月9日以前（1937年12月24日开始）在下关一带埋尸3200余具。两队于1938年1月正式开始工作，一队工作到翌年5月，计埋尸近7000具；二队工作到翌年3月，计埋尸6700余具。两队共埋尸22671具。
中国红十字会南京分会
掩埋队第一队工作按月统计表
月份 掩埋人数 其它
一月 2131
二月 1728 畜类 7匹
三月 2344 马 26匹
四月 484
五月 300
总计 6987 畜类及马33匹
附注：在民国二十七年一月六日以前本队已在和平门外一带联合乡人共埋军民尸体五千七百零四具，因非本队单独工作故未列入统计。
埋尸一队主要收尸地点是中山桥、挹江门附近、三叉河附近、护城河附近、和平门车站，龙江桥、鱼雷营一带，上元门、煤炭港、江边一带等处。
中国红十字会南京分会
掩埋队第二队工作按月统计表
月份 掩埋人数 其它
一月 2175 畜类 10匹
二月 2924 畜类 11匹
三月 1636 畜类 3匹
总计 6735 畜类 24匹
附注：本队在民国二十七年一月六日以前已在下关一带掩埋军民尸体三千二百四十五具，因该时尚未得日军正式许可，故未列入统计。
"本分会掩埋队自二十六年（1937年）十二月间起即在下关沿江及和平门外附近一带从事掩埋工作，综计在此六阅月内，共掩埋军民尸体二万二千六百七十一具。此项尸体多数系掘土掩埋，用棺木者只有数百具。"
同善堂掩埋尸体最少7000具。
同善堂和崇善堂是两个组织，南京的慈善团体很多，还有培善堂、兴善堂、普善堂、合善堂等等。是主要的掩埋尸体机构，还有一些是个人自发去掩埋尸体机的。
刘连祥等人掩埋尸体3240具。
芮芳缘等人埋尸体7000具。
南京市各慈善团体（个人）掩埋尸体统计（部分）
掩埋尸体组织 掩埋队人数（人） 收埋尸体日期 收埋尸体数（具）
世界红?字会南京分会 最多达600名 1937.12.22～1938.10 43071
崇善堂 4个队固定工役48人 1937.12.28-1938.4 112267
中国红十字会南京分会 2个队 1937.12-1938.5 22671
刘连详等人 最多达104人 1937.12.16-1938.1.30 3240
芮芳缘等人 集难民30余人 1938.1.4-1938.2 7000
同善堂 不祥 1937.12-1938.2 7000以上
总计 195249